לאחר מלחמת ששת-הימים ניסו ארגוני המחבלים לפתוח חזית חדשה נגד ישראל מתוך יהודה ושומרון. לצורך זה העבירו את המפקדות לאזורי אוכלוסיה ערבית שנכבשו במלחמה והחלו לעודד צעירים לפגוע במטרות ישראליות צבאיות ואזרחיות. צה"ל חסף תוך זמן קצר את תשתית המחבלים ביהודה ושומרון והם נאלצו להימלט לירדן. שם, מעבר לנהר הירדן, הקימו המחבלים בסיסים גדולים בעידוד הממשלה והצבא הירדני. דוגמא אחת היא עיירת המחבלים כראמה בה שהה רב המחבלים, יאסר עראפת. מבסיסים כאלו הסתננו המחבלים בחסות בחשיכה לשטח ישראל, התחבאו במערות ובנקיקים, ומשם המשיכו לביצוע פיגועים במטרות שונות. בצה"ל נאלצו להתמודד עם חדירות רבות של מחבלים מדי יום כמעט. תחילה ניסו ליצור מכשולים ולהניח מוקשים לאורך קו המים אך המחבלים התגברו גם עליהם. התברר כי המכשול היעיל ביותר הוא לוחמי צה"ל שנאלצו להתמודד גם עם החום הקשה מלבד הרדיפה אחר המחבלים. צבא ירדן סייע למחבלים בחדירות וישראל התקשתה לתת מענה הולם לבעיה. במטכ"ל החליטו לשלוח את רפול שנפצע בששת-הימים לעשות סדר בבקעה. רפול הביא איתו את הצנחנים וכוחות חי"ר מעולים שהאמין כי יוכלו להלחם בטרור בתנאים הקשים שהציבה בקעת הירדן. את חבורת הפיקוד שלו הרכיב מלוחמי הצנחנים שהוכיחו את עצמם בחטיבה. אחד העקרונות שהנחיל רפול במרדפי הקעה היה שבמחלמה במחבלים ילחמו המפקדים הבכירים בראש כוחותיהם. היו אלה מפקדי הצנחנים כדוגמת אריק רגב, גדי מנלה, צבי עופר, דורון מנור ומשה פלס שהסתערו ראשונים ונפלו ראשונים. בין השאר הציבו הצנחנים גם מארבים בגדה המזרחית של הירדן והפתיעו את המחבלים עוד לפני שחצו את הגבול. התגבשה מסורת בבקעה לפיה לוחמים שהצליחו לסכל חדירת מחבלים זכו בחופשה מיוחדת. אותו הזמן התחוללה מלחמת ההתשה בגבול מצרים וסוריה. צה"ל לא יכל לתת תמיד את מירב תשות הלב למרדפים בבקעה. מפקדי הבקעה ואלוף הפיקוד, רחבעם זאבי (גנדי), חיפשו דרכים לשפר את המלחמה בחדירות. לאורך הגדר נבנתה דרך טשטוש לגילוי עקבות והוצבו מוקשי נעל. המחבלים הערימו על המכשולים, הציבו סולמות ארוכים והלכו לאחור על דרכי הטשטוש או שהשתמשו בסוליות נעליים בצורת רגליים של בעלי חיים. מפקדי הבקעה שפיתחו שיטות מתוחכמות להתגבר על המחבלים שילמו לא אחת בחייהם. בצה"ל ומחוצה לו התעורר דיון על מקומו של המפקד במרדף. היו שסברו כי אין זה נכון לאבד מפקדים בכירים כדי ללכוד חוליית אוייב אחת. הרמטכ"ל ואלוף הפיקוד טענו כי אין מנוס מהמשך בדרך הפעולה הגובה מחיר בחיי אדם תוך הפקת לקחים. כתוצאה מנפילת המפקדים הבכירים פותחה תורת לחימה חדשה שבאה לידי ביטוי בכך שלהסתערות קדמה מהלומת אש והכניסה לשטח בו כותרו המחבלים נעשתה בזהירות תוך שימוש באמצעים שונים.