מעטים הם ספריו של הרב קוק שנכתבו מלכתחילה בצורת ספר. חלק גדול של כתבי הרב קוק נכתבו בפסקאות במחברותיו הרבות, ללא סדר שיטתי בהם. ספרים רבים של הרב קוק נערכו כקבצים של ציטטות מכתביו בנושאים מסוימים, על ידי תלמידיו המובהקים (בהם: אורות, אורות התשובה, אורות התורה ואחרים), או הדפסת כתביו כסדר שנכתבו במחברותיו, (תחת כותרים ערפלי טוהר בחיי הרב, ו-שמונה קבצים בצירוף הגהתם של המוצאים לאור), ומעטים מהם נכתבו כספרים מלכתחילה על ידי הרב (מוסר אביך, עין אי"ה ועוד).