מבנה הספר
הספר פורש את הגותו של הראי"ה בשני מישורים: הגותי ("חכמת הקודש") ומוסרי ("מוסר הקודש"). נראה שהחלק השלישי, שאת עריכתו לא הספיק הרב הנזיר לסיים בחייו, התעתד לעסוק במישור הכלל ישראלי (ראו להלן). כל חלק נפתח במבואות ("שערים"), ולאחריהם מופיעים עיקרי השיטה ("מאמרים").
חכמת הקודש:
כרך ראשון - שני שערים: חכמת הקודש, הגיון הקודש.
כרך שני - חמישה מאמרים: הקודש הכללי, החיות העולמית, האחדות הכוללת, הטוב הכללי, התעלות העולם.
מוסר הקודש:
כרך שלישי - שני שערים: מוסר הקודש, דרך הקודש.
כרך רביעי - חמישה מאמרים: האהבה הכוללת, הדבקות הכללית, הענווה האצילית, השלום, העלאת העולם.