עלילת הסידרה מתרחשת בעולם בדיוני בו קיימים ארצות שונות אשר תושביהם נשלטים על ידי שליטים פיאודליים. חמש הארצות הגדולות ביותר, אשר מכונות גם "חמשת ארצות השינובי הגדולות" הן: ארץ האדמה, ארץ האש, ארץ הברק, ארץ המים, וארץ הרוח.

כל ארץ מכילה כפרי נינג'ות נסתרים אשר משמשים כמרכזי החיים עבור לוחמי הנינג'ה הגרים באותה הארץ. קיימים חמישה כפרים נסתרים כאשר לכל כפר מנהיג משלה. על הכפרים הגדולים מפקדים קאגיים, שתפקידם לפקח על חלוקת המשימות והגנת הכפר בעתות משבר. למנהיגים של כפרי הנינג'ות מעמד שווה לשליטי הארצות שלהם.

כפרי הנינג'ות מאמנים את לוחמי הנינג'ה שלהם מילדותם ומשתמשים בהם לביצוע משימות שונות. משימות אלה כוללות את כל סוגי העבודה, החל מניקוש עשבי גינה בשיגרה ועד גיוסם של לוחמי הנינג'ה לחזית כחיילים בעת מלחמה.

 גאוגרפיה

• ארץ האש - אחת הארצות הגדולות והחזקות ביותר בסידרה. משתייכת לחמשת אומות השינובי הגדולות. אף על פי שהיא לא הארץ הגדולה ביותר בגודלה, היא בעלת הכפר הנסתר הגדול והחזק ביותר - קונוהאגאקורה (ידוע גם בשם "קונוהא" או "כפר העלה").
• ארץ הרוח - משתייכת לחמשת אומות השינובי הגדולות. ארת הרוח היא מדינה גדולה, צחיחה ושוממת. מרבית שטחי ארץ האש אינם ראויים למחייה. הכפר הנסתר בארץ הרוח הוא סונהגאקורה (ידוע גם בשם "כפר החול" או "סונה").
• ארץ האורז - מדינה קטנה אשר חולקת גבול עם ארץ האש. אורוצ'ימארו, לשעבר לוחם נינג'ה מקונוהא משתלט בהמשך על המדינה ומשנה את שמה לארץ הקול. מכילה את הכפר הנסתר אוטוגאקורה ("כפר הצליל").
• ארץ המים - משתייכת לחמשת אומות השינובי הגדולות. מורכבת מאיים רבים אשר לכל אחד מהם מסורות ייחודיות משלו. הארץ הקטנה והענייה ביותר מבין חמשת אומות השינובי הגדולות. מכילה את הכפר הנסתר קיריגאקורה ("כפר הערפל").
• ארץ הברק - משתייכת לחמשת אומות השינובי הגדולות. מכילה את הכפר הנסתר קומוגאקורה (ידוע גם בשם "כפר העננים").
• ארץ האדמה - משתייכת לחמשת אומות השינובי הגדולות. מכילה את הכפר איוואנגוקורה.
• ארץ הגלים - ארץ ענייה ומשום כך לא קיימים בשטחה כפרים נסתרים.

 כלי נשק

• שוריקן - כוכב נינג'ה קטן וקטלני אשר משמש לצורך פגיעה ביריב או לשם הסחתו בעת מתקפת פתע.
• קונאי - סכין חדה אשר משמשת לצורך פגיעה ביריב או לצורך התעיית היריב.
• קונאי מתפוצץ-קונאי המחובר עליו פתק מתפוצץ.וכך אם המשתמש מפספס את האויב הפיצוץ עדיין יגרום לאויב נזק במקרה והתחמק.
• פתקים מתפוצצים - פתקים נפיצים.
• גלולות חייל - גלולות אשר מגבירות את המהירות ומעינקות צ'אקרה זמנית אשר מעניקות ללוחם אשר לוקח אותם את היכולת להילחם שלושה ימים ברציפות.
• גלולות עשן - גלולות מיוחדות אשר מסוגלות לפזר עשן סמיך לצורך מיסוך שדה הראיה של היריב. גלולות העשן מאפשרות לתקוף את היריב מבלי שהוא יהיה מסוגל ומותירות אותו חסר אונים.
• כדור מעורר נשמה - כדור המשמש להגברת התפשטותו של הקללה והפיכתה לשלב 2.
• סנפון - מחטים חדות - מחטים קטנות וחדות שמסוגלות להרוג את היריב באופן מיידי או לגרום לו לשריטות.
• מחטים רעילים - מחטים קטנים אשר מכילים רעל אשר גורם לנזק רב.
• כדורים מעניקי אנרגיה בשלושה צבעים - תרופה סודית של שבט אקימיצ'י אשר מגבירה את העוצמה של האדם אשר לוקח אותה. כדור האדום מגביר את העוצמה פי 100. לקיחת הכדור השלישי גורמת לתוצאת לוואי של הרס מהיר של תאי הגוף, דבר אשר גורם למוות בתוך זמן קצר.
• מגילות - משמשות לזימון חפצים רפואיים או נשק כגון פומה שוריקן.
• פומה שוריקן - כלי נשק גדול ממדים בעל פינות חדות אשר מסוגל להיות קטלני ביותר.
• בובות - בובות הן דמויות המופעיות לרוב בסדרה. הבובות מצוידות בנשק ומופעלות אך ורק על ידי חוטי צ'קרה. הדמויות אשר נעזרות בבובות הן קאנקורו, סאסורי וצ'יו.
• עשן רעיל - עשן רעיל. הבובות מסוגלות להפיץ כמות בלתי מוגבלת של עשן רעיל.
• המניפה של טמארי - מניפה מיוחדת אשר מאפשרת לטמארי לשלוח גלי רוח עוצמתיים היכולים להעיף למרחקים ואף לחתוך עצמים הנמצאים בזירת הקרב.

 תופעות על-טבעיות

• ג'וטסו - שם כולל המתייחס להתקפות העל-טבעיות בהם הנינג'ות מסוגלים להשתמש בקרבות.
• השדים המזונבים - השדים המזונבים הינם תשעה שדים אשר מסתובבים ברחבי עולם השינובי. כוחו של שד נמדד על פי מספר הזנבות שלו. השד החזק ביותר, הוא השד בעל תשעת הזנבות, ואילו השד החלש ביותר, הוא השד בעל הזנב האחד. קיימות מספר טכניקות המאפשרות לחתום את היצורים הללו ב"מארחים".
• המארחים - בני אנוש אשר מארחים בתוכם את השדים בעלי הזנבות.

דרגות נינג'ה

• תלמיד אקדמיית הנינג'ות - תלמידים הלומדים באקדמיה לנינג'ות לא נחשבים עדיין רשמית לנינג'ות. באקדמיה לומדים טכניקות נינג'ה בסיסיות ושימוש בכלי נשק, כגון שוריקנים (כוכבי הטלה) וקונאי (סכין שגם ניתנת להטלה).
• גנין - דרגת הנינג'ה הנמוכה ביותר. מעתה הנינג'ה יתרום לכלכלת הכפר על ידי ביצוע משימות שהכפר מקבל בעבורם תשלום.
• צ'ונין - נינג'ות אשר מוסמכות להשגיח ולפקח על נינג'ות אחרות. הצ'ונין הם בעלי יכולות טקטיות ומנהיגותיות שמתפקדים כמורים או כראשי צוותים קטנים.
• ג'ונין - נינג'ות בעלי ניסיון רב ויכולות גבוהות שמשמשים בתור מפקדים.
• קאגה - תואר אשר ניתן לראשי חמשת כפרי הנינג'ה העיקריים ואינו דרגה בפני עצמה. הקאגה הוא הנינג'ה החזק ביותר בכפר וייתכן רק קאגה אחד למרות שהתואר עצמו נשמר גם לאחר הפרישה ולכן מקובל לקרוא להם הקאגה הראשון, השני וכן הלאה.
• אנבו - יחידה בכפר הנינג'ה אשר אחראית לבצע משימות מיוחדות כגון: הגנה על הכפר מאיומים מסוכנים במיוחד, חקירות, משימות והתנקשויות קשות במיוחד שמצריכות לוחמי נינג'ה ברמה גבוהה.
• נינג'ות רפואיות – לוחמי נינג'ה אשר מתמחים במתן טיפול רפואי ומסוגלים להשתמש בטכניקות ג'וטסו מיוחדות על מנת לרפא אחרים. לרוב הנינג'ות הרפואיות יצטרפו אל הצוותים במהלך משימות מסוכנות על מנת להגדיל את סיכויי ההישרדות של הצוות.
• ציידי נינג'ות - יחידה מיוחדת שתפקידה הוא לצוד ולחסל נינג'ות שערקו מהכפר. כאשר הם מחסלים את המטרה הם לוקחים את ראשה בתור הוכחה ומשמידים לחלוטין את הגופה באמצעים שונים, הדבר נעשה כדי לוודא שסודות הכפר האצורים בגופה לא יפלו לידיים זרות. ציידי הנינג'ות הם חלק מהאנבו ולבושים באופן דומה.