הנוסח: צוותות תלמידי חכמים וחוקרים שקדו וחקרו את נושא הדפוסים, המהדורות וכתבי היד, עד אשר הגיעו לנוסחאות האמיתיות והמדוייקות ביותר, כפי אשר יצאו מתחת ידם של המחברים. כל חיבור ופירוש הוצב במלואו על מקומו ודוכנו, קטעים חסרים הושלמו, רבבות שיבושים תוקנו וראשי התיבות פוענחו בצורה מדוייקת. ארועים בלתי צפויים נגלו בפני חברי המערכת, עם גילויים וחשיפתם של כתבי ידם המקוריים של רבים מגדולי האחרונים, ומתוכם נשפכת בהירות עצומה על הדברים, כאשר עניינים שלמים אשר נדמו כמוקשים וסתומים מתבהרים לפתע בזכות הגירסה הנכונה.
ציונים ומקורות: במהלך הדורות נדפסו מספר חיבורים לציין מקורותיהם של השו"ע והרמ"א, הראשון שבהם בשנת שס"ז, ולאחר מכן במהדורות שונות של גדולי הדורות אך במהדורות
אלו נפלו שיבושים רבים מספור. במהדורת המכון מצויינים בפרוטרוט ובדייקנות כל המקורות מהם שאבו המחברים את הלכותיהם ופרשנותם.
פירושים והגהות מכת"י: במהדורת 'שולחן ערוך מכון ירושלים' מופיעים עשרות פירושים והגהות מגדולי מפרשי השו"ע, ובהם פירושיהם והגהותיהם של גדולי האחרונים,
מהם שנדפסו בשעתם ואינם בנמצא, ומהם שלא נדפסו עד כה והיו ספונים בכתובים.
