הספרים "שם משמואל" נדפסו לראשונה בפולין מיד לאחר פטירתו, על ידי בנו בעל "חסדי דוד" בתשעה כרכים, (ב"כ בראשית, ב"כ שמות, ויקרא, במדבר, דברים, מועדים, הגדה של פסח). לאחר מכן בנו רבי חנוך בורנשטיין הדפיס את הספר בארץ ישראל במהדורה חדשה, ובאותיות מרובעות, וכיום הוא מודפסים ספרי ה"שם משמואל" בששה כרכים (בראשית, שמות, ויקרא, במדבר, דברים ומועדים, הגדה של פסח).
