מטרת הספר "נפש החיים" להסביר את הסוגיות החשובות ביהדות ועבודת השם. הספר נכתב גם כביקורת ואלטרנטיבה לרעיונותיה המחודשים של תנועת החסידות מיסודו של רבי ישראל בעל שם טוב. רבי חיים מוולוז'ין מבקר בחריפות את הרעיונות החסידיים, כמו עליונות הדבקות הרגשית ויראת השמים על-פני לימוד התורה, הזלזול במי שלומד תורה שלא במעלה העליונה של לשמה, וההקפדה על קיום פרטי המצוות הספר מתבסס על ספר הזוהר, עץ חיים, וספרי קבלה נוספים, ובפרט על תורת רבו הגדול הגאון מווילנא. הספר נחשב כספר יסוד במחשבת ישראל בישיבות ונקרא גם שלחן ערוך בהשקפה (הרב מבריסק).
