פירושו לשיר השירים מורכב מ״משל״ ־ ביאור פשטי, ומ״מליצה״ ־ ביאור אליגורי, בו מסביר המלבי״ם את תשוקת נפשו של שלמה המלך אל הקב״ה. הוא מחלק את שיר השירים לחמישה חלקים המקבילים לחמשת מפגשי נשפו של שלמה עם הקב״ה. הוא מוסיף גם ביאור על דרך הקבלה הנקרא ״החרש והמסגר״, וזאת בנוסף להקדמה מקיפה.