חותמות הידיים חשובות כמו הצ'קרה בנארוטו. כל טכניקות הנינג'וטסו והגנג'וטסו דורשות חותמות
ידיים כדי שיופעלו. טאיג'טסו לא צריכה חותמות ידיים כי היא פשוט לא משתמשת בצ'אקרה.
הפונקציה המרכזית של חותמות הידיים היא כמו מילות קסם - במקום להשתמש בפה כדי להגיד
את מילות הקסם משומשות חותמות הידיים בסדר מסויים על מנת לבצע את הטכניקה ולשחרר
את הצ'קרה הדרושה. חותמות הידיים מסמלות חיות, ספיציפית - החיות האסטרולוגיות - המזלות.
לכן יש רק 12 חותמות שכל אחת מסמלת אחת מ12 השנים של המחזור האסטרולוגי.

אם יש הפרעה בסדר החותמות הג'וטסו יכשל. כתוצאה מכך יש לשמור על הסדר של החותמות
ולהפעיל את הג'וטסו בלי טעויות ובלי הפרעה מיותרת, עם ריכוז מוחלט.

חותמות הידיים מבוססות על המזלות האסטרולוגיים. יכול להיות ששמעתם אנשים מדברים על
שנת לידתם כשנת חיה כלשהי, לדוגמא שנת הדרקון ששנת לידתם הייתה: 1928, 1940, 1952,
 1964, 1976 ו- 1988, בקפיצות של 12, וכך שאר המזלות האסטרולוגיים האחרים.

את רוב הנינג'וטסואים והגנג'וטסואים עושים עם 2 ידיים, כפי שניתן לראות בתמונות, אך ישנן גם נינג'ות עם היכולת לעשות חותמות אך ורק עם יד אחת, למשל האקו.
יכולת זו מאוד מועילה בקרב, כאשר יד אחת תפוסה ולא ניתן לעשות חותמות עם 2 הידיים.
עד כמה שידוע, יכולת זו אינה גורעת כלל מעוצמת הג'וטסו הסופי.