מותר ואסור, על אותו ציווי, ניתן מסיני?

תלמוד בבלי מסכת קידושין דף כא עמוד ב א"ר אלעזר, יודן בריבי היה דורש: כשהן רוצעין, אין רוצעין אלא במילתא; וחכ"א: אין עבד עברי כהן נרצע, מפני שנעשה בעל מום. ויעשה בעל מום! אמר רבה בר רב שילא, אמר קרא: +ויקרא כה+ ושב אל משפחתו, למוחזק שבמשפחתו. איבעיא להו: עבד עברי כהן, מהו שימסור לו רבו שפחה כנענית? חידוש הוא, לא שנא כהנים ול"ש ישראל, או דילמא שאני כהנים, הואיל וריבה בהן הכתוב מצות יתירות? רב אמר: מותר, ושמואל אמר: אסור. א"ל רב נחמן לרב ענן: כי הויתו בי מר שמואל, באיסקומדרי איטלליתו? מ"ט לא תימרו לי' מהא, וחכ"א: אין עבד עברי כהן נרצע מפני שנעשה בעל מום, וא"ת אין רבו מוסר לו שפחה כנענית, תיפוק לי דבעינא +שמות כא+ אהבתי את אדוני את אשתי ואת בני וליכא! תו לא מידי. איבעיא להו: כהן, מהו ביפת תואר? חידוש הוא, לא שנא כהן ולא שנא ישראל, או דילמא שאני כהנים, הואיל וריבה בהן מצות יתרות? רב אמר: מותר, ושמואל אמר: אסור. בביאה ראשונה - דכ"ע לא פליגי דשרי, דלא דברה תורה אלא כנגד יצר הרע, כי פליגי - בביאה שניה, רב אמר: מותר, ושמואל אמר: אסור; רב אמר מותר, הואיל ואישתריא אישתרי; ושמואל אמר אסור, דהא הויא לה גיורת, וגיורת לכהן לא חזיא. א"ד: בביאה שניה - כ"ע לא פליגי דאסירא, דהויא לה גיורת, כי פליגי - בביאה ראשונה, רב אמר: מותר, דהא לא דברה תורה אלא כנגד יצר הרע; ושמואל אמר: אסור, כל היכא דקרינא ביה +דברים כא+ והבאתה אל תוך ביתך, קרינא ביה וראית בשביה, כל היכא דלא קרינא ביה והבאתה אל תוך ביתך, לא קרינא ביה וראית בשביה. ת"ר: וראית בשביה - בשעת שביה, אשת - ואפילו אשת איש, יפת תואר - לא דברה תורה אלא כנגד יצר הרע,  איך יכול להיות שהגמרא הזו ניתנה בסיני מהאלוהים למשה עם אסור ומותר, על אותו ציווי? תלמוד בבלי מסכת ברכות דף ה עמוד א ואמר רבי לוי בר חמא אמר רבי שמעון בן לקיש: מאי דכתיב +שמות כ"ד+ ואתנה לך את לחת האבן והתורה והמצוה אשר כתבתי להורותם, לחות - אלו עשרת הדברות, תורה - זה מקרא, והמצוה - זו משנה, אשר כתבתי - אלו נביאים וכתובים, להורותם - זה תלמוד; מלמד שכולם נתנו למשה מסיני. רש"י מסכת ברכות דף ה עמוד א זה מקרא - חומש, שמצוה לקרות בתורה. זו משנה - שיתעסקו במשנה. זה גמרא - סברת טעמי המשניות שממנו יוצאה הוראה, אבל המורים הוראה מן המשנה נקראו מבלי העולם במסכת סוטה (דף כ"ב א). רש"י ישעיהו נא (ד) כי תורה מאתי תצא - דברי נביאים תורה הוא והמשפטים סופן להיות מרגוע ומנוחה לעמי' אשר אהפוך להם שפה ברורה לעבדני: ויקרא כו (מו) אֵלֶּה הַחֻקִּים וְהַמִּשְׁפָּטִים וְהַתּוֹרֹת אֲשֶׁר נָתַן יְהֹוָה בֵּינוֹ וּבֵין בְּנֵי יִשְׂרָאֵל בְּהַר סִינַי בְּיַד מֹשֶׁה: רש"י והתורת. אחת בכתב ואחת בעל פה מגיד שכולם נתנו למשה בסיני: פרקי אבות פרק א משנה (א) משֶׁה קִבֵּל תּוֹרָה מִסִּינַי וּמְסָרָהּ לִיהוֹשֻׁעַ וִיהוֹשֻׁעַ לִזְקֵנִים וּזְקֵנִים לִנְבִיאִים וּנְבִיאִים מְסָרוּהָ לְאַנְשֵׁי כְנֶסֶת הַגְּדוֹלָה. הגמרא ניתנה בסיני מהאלוהים למשה עם הוויכוחים בין רבנים?