• בית חולים בילינסון - נוסד ב 1936 וממוקם במערב בעיר, על צומת הרחובות ז'בוטינסקי וקפלן.

במסגרת בית החולים פועל מרכז דוידוף, שהינו המרכז הייעודי, הראשון מסוגו בישראל למניעה, לטיפול ולמחקר מחלות הסרטן ומכון רפאל רקנאטי לגנטיקה, שהוא מכון הגנטיקה הגדול בארץ.

• בית חולים גולדה השרון - נוסד ב-1942 וממוקם בשכונת כפר גנים בעיר.

2 בתי חולים אלה מהווים יחד את מרכז רפואי רבין שהוא המרכז הרפואי השני בגודלו בישראל, אחרי בית חולים שיבא.

• בית חולים שניידר לרפואת ילדים - בית החולים הגדול בישראל לרפואת ילדים.
• בית החולים גהה- בית חולים הפסיכיאטרי הגדול בישראל, שנמצא בסמוך לבילינסון ולשניידר.
• בית רבקה - בית חולים גריאטרי הנמצא במזרח העיר.
• המרכז הרפואי רמת מרפא - בית חולים פרטי השייך לרשת בתי החולים אסותא, ומתפרש על פני 4 קומות במבנה של קניון לב העיר לשעבר, בסמוך לעיריית פתח-תקווה. רמת מרפא, יחד עם אסותא תל אביב, מהווים את 2 בתי החולים הגדולים ביותר ברשת.