העונה הראשונה

פרקים: 1-49.

בפרק הראשון של העונה הנקרא "דרקון כחול העין" יוגי נפגש פנים מול פנים עם סטו קאיבה, שמטרת חייו היא למצוא קלפים נדירים. קאיבה מחפש את ארבעת קלפי הדרקון כחול העין, בעוד לו יש רק שלושה, הוא מגלה שלסבא של יוגי יש את הרביעי. קאיבה מביס את סלומון מוטו וקורע לגזרים את הקלף. לאחר מכן יוגי התמודד מול קאיבה, יוגי נלחם לפי אסטרטגיית קרב הנקראת "לב הקלפים", יוגי מאמין בקלפים שלו והחפיסה נותנת לו את הקלף שיוגי ביקש. יוגי הצליח להרכיב את "אקסודיה האגדי" והביס את קאיבה ושיחרר אותו מהאפלה. בפרק השני של העונה יוגי נלחם נגד מקסימיליאן פגסוס, היוצר של המשחק,בקרב הצללים. קרב הצללים הוא קרב עתיק מימי מצרים העתיקה, בה כוהנים נלחמו זה בזה בעזרת מפלצות המשחק. ההבדל בין קרב רגיל לקרב הצללים הוא שיש יותר סיכון, והגרוע מכול הוא שאפשר לאבד את החיים בקרב. בהמשך הסדרה מתגלה כי פגסוס מצא מקדש מצרי עתיק ובו כתבי חרטומים על משחק הקלפים העתיק של מצרים, משם הוא יצר את משחק הקלפים המודרני. יוגי יוצא עם חבריו ג'ואי ווילר, טריסטאן וטיאה בספינה על מנת להגיע לאי הנקרא "ממלכת הדו-קרב" בו נערכת תחרות עולמית שפגסוס הזמין את יוגי אליה. יוגי שואף כמובן לנצח באליפות לאחר שפגסוס חטף את נשמתו של סבו, בעוד שמטרתו של ג'ואי  היא להרוויח מספיק כסף כדי לשלם עבור ניתוח העיניים של אחותו.
בהמשך בסוף קרב קשה עם פגסוס זוכה יוגי לאביזר בשם "עין המילניום" שמאפשרת לו לדעת אלו קלפים יש בידי יריביו, בו פגסוס השתמש בקרב נגד יוגי, ויוגי בדרך פלא הביס את פגסוס.

העונה השנייה

פרקים: 50-97.

העונה השנייה מגוללת את העלילות בעיר הדו-קרב: עיר שבה כולם נלחמים במטרה להשיג 6 קלפים מיוחדים שדרכם ניתן לראות את המפה של העיר וכך להגיע לקאיבה ולהילחם נגדו בגמר. העונה, בין היתר, מציגה שינויים חדשים: מהיום ניתן להילחם בכל מקום על ידי דיסק דו-קרב שמורכבת על יד שמאל ודרכה ניתן לשלוף קלפים, ליישם אותם על משטחים מותאמים, וכן גם קלפים הפוכים. שנית, נקודות החיים המלאות גדלו ל-4000, ושלישית, לפי חוקי העיר, מי שמפסיד, לא רק צריך לתת קלף מפה, אלא גם את אחד הקלפים החזקים שלו.
כאשר יוגי וחבריו מגיעים לעיר, הם מגלים שישנם אנשים שנלחמים בעיר ובו זמנית נשלטים על ידי מאריק, אדון מטה המילניום. מאריק הצליח כמעט גם להשתלט על טיה וג'ואי.

העונה השלישית

פרקים: 98-144.

העונה השלישית היא אחת העונות המוזרות ביותר, החצי הראשון של העונה מורכב מהקרבות של השמינייה העולה לגמר: יוגי, ג'ואי, קאיבה, מאריק, אודיון, מאי, באקורה ואישיזו. יוגי הביס את באקורה, ג'ואי הביס את אודיון, מאריק הביס את מאי ובקרב הזה מאריק האפל שוחרר לחופשי וקאיבה הביס את אישיזו. בחלק השני של העונה יש תפנית מוזרה שמספרת על העולם הווירטואלי שחברת קאיבה יצרה, בה לכודים "החמישה הגדולים", חמשה עובדים לשעבר בחברת קאיבה, אך הם בגדו בקאיבה והוא כלא אותם בעולם הביזארי. אחיו החורג של קאיבה,נוח,שהפך לישות וירטואלית לאחר שנהרג כשהיה צעיר. קאיבה עובר שלב מוזר בעונה, כאשר הוא מגלה דברים רבים על עברו האפל. יוגי וג'ואי עוזרים לקאיבה בכך שהם מביסים את החמישה הגדולים. לבסוף יוגי נלחם נגד נוח ומביס אותו, אך פתאום מופיע האיש הרע של הסיפור, אביו החורג של קאיבה שגם הוא הפך לישות וירטואלית. קאיבה הצעיר והאב נלחמים זה בזה ואז העולם הווירטואלי מתפוצץ, והחבורה משתחררת מהעולם הביזארי. הגמר מגיע. בשלב הראשון ג'ואי מתמודד מול מאריק ומפסיד וכמעט נהרג תוך כדי. יוגי הביס את קאיבה בקרב שנמשך במשך כמעט שבעה פרקים מלאים. קאיבה נלחם והביס את ג'ואי על המקום השלישי. לבסוף יוגי נלחם נגד מאריק בקרב של ששה פרקים וזה היה קרב צללים שהמפסיד בו ימות. יוגי ניצח והעולם ניצל.

העונה הרביעית

פרקים: 145-184.

בעונה הרביעית החבורה פוגשת בילד הנהרג בתאונת דרכים ואביו השתיל אותו בעולם וירטואלי כי הבין שזה הסיכוי היחיד להציל אותו. מסיבה לא ברורה הילד הזה ששמו הוא בלו לא מחבב במיוחד את החבורה. בסיום חצי העונה החבורה מצליחה להציל את בלו ולהחזיר אותו לעולם האמיתי למרות כל מה שהוא עשה להם. בחצי העונה השנייה סיפור העלילה משתנה. מסופר על איש בשם דארץ שנהג לשחק בשיטת דו-קרב קדומה. הסיבה לכך הייתה שבסוף כל דו קרב בנשמה של המפסיד מועברת אל המקדש של דארטס. כשיש לו מספיק נשמות הוא מחיה את הלוויתן הענקי הקדום. החבורה מצליחה בסוף להביס אותו על ידי שלושת האלים המצריים שרכש יוגי בעונה הקודמת. בעונה זו יש גם שלוש מפלצות חדשות הנקראות "הדרקונים האגדיים" ושלושת הדרקונים מובאים לקאיבה, יוגי וג'ואי. לבסוף מתגלה שהדרקונים הם בעצם שלושה אבירים.

העונה החמישית

פרקים: 185-224.

מצטרפת דמות מסתורית חדשה בשם זיגפריד לויד, גאון מחשבים.סיפור העלילה של העונה משתנה. באקורה הרשע חוזר וגונב את כל חפצי המילניום. לאחר הגניבה באקורה חוזר בעזרת קסם אל מצרים העתיקה ועקב כך פרעה עוזב את יוגי וחוזר לעבר כדי לגלות עליו קצת יותר. שם הוא היה מלך. דמויות הדומות לסבא של יוגי ולקאיבה מתגלות שם ופרעה אפילו פוגש בחברה שלא ראה הרבה זמן. שם הוא נלחם נגד באקורה וכוחות הרשע והוא יכול לנצח אותם רק אם יגיד את שמו האמיתי אשר הוא אינו זוכר. כאשר הוא נזכר בשמו הוא מנצח את כוחות הרשע. לבסוף הוא נלחם נגד יוגי בקרב החשוב, אם יוגי ינצח פרעה יחזור לעולם שלו ואם יוגי יפסיד פרעה יישאר בעולם זה. פרעה עושה ליוגי חיים קשיים כשמזמן את שלושת האלים המצריים, יוגי מנצח את האלים המצריים ופרעה חוזר לעולמו. בלי קשר לעונה הקודמת,יוגי בדרך לעיר הולדתו כשהמטוס בדרכם לטיול מתרסק, ויוגי וחבריו חייבים לפתור את חמשת השלבים כדי לחזור חזרה לעולמם. חלק זה נכתב על ידי האמריקאים וצויר על ידי היפנים.החלק הזה בסדרה נקרא "מפלצות הקפסולה".