לגבי הארון כתוב "וציפית אותו זהב טהור, מבית ומחוץ תצפנו" - צריך להקדים כי הציפוי אינו צבע כלשהו, אלא עוד תבניות כמו הארון (שהיה כעין קופסא מעץ) , רק שהם היו מזהב, ואותם שמים אחד (קצת קטן יותר) בתוך הארון, והשני (שהוא טיפה יותר גדול) מבחוץ וכך יוצא שהארון האמצעי (ההוא מהעץ) מצופה זהב מבית ומחוץ.

רש"י כתב שקודם לוקחים את הארון מהעץ ושמים אותו בתוך הארון מהזהב (הציפוי החיצוני) ואח"כ לוקחים את הארון הזהב הקטן (הציפוי הפנימי) ושמים אותו בתוך ארון העץ.

מה שרש"י כתב די הגיוני - כיוון שיותר פשוט לקחת את ארון העץ ולהכניס אותו לארון הזהב החיצוני ואז לקחת את ארון הזהב הפנימי ולהכניס אותו לארון העץ, מאשר להכניס קודם את ארון הזהב הקטן לארון העץ ואז להרים את שניהם ולהכניס אותם לארון הזהב החיצוני.

אלא שמלשון התורה זה לא נראה ככה...
בתורה כתוב "מבית ומחוץ תצפנו" - קודם את ציפוי הפנים ("בית") ואח"כ את ציפוי החיצוני ("מחוץ").
א"כ עולות שתי שאלות - א. למה רש"י לא פירש כמו הפשט של התורה
ב. למה התורה צוותה ככה... הרי יותר פשוט כמו שרש"י הציע (כפי שהסברנו..)

התשובה היא שהתורה באמת התכוונה למה שרש"י כתב..
כשהתורה אמרה "מבית" היא לא התכוונה לציפוי הפנימי (ארון הזהב הקטן), אלא לציפוי החיצוני, שכשאשר נשים אותו אז ארון העץ - האמצעי, יגע בחלק הפנימי ("מבית") של החיצון, לזה התורה קוראת "מבית".
ו"מחוץ" שהתורה אמרה מדבר על ארון הזהב הפנימי שכאשר נשים אותו אז ארון העץ - האמצעי, יגע בחלק החיצוני ("מחוץ") של ארון הזהב הפנימי.

עכשיו.. לא מובן למה התורה בוחרת להשתמש בכאלה מושגים מסובכים ולסבך אותנו... יותר פשוט שתכתוב "מחוץ ומבית" ונבין את הפשט - הארון החיצוני והארון הפנימי.

אלא שכאן התורה רוצה להעביר לנו מסר חשוב.
ארון העץ הוא משל לאדם - "כי האדם עץ השדה".
שני ארונות הזהב רומזים לתורה - "הנחמדים מזהב" שמקיפים את חיי האדם בכל שעה ושעה, יש את התורה החיצונית - הפשט, ויש את התורה הפנימית - הקבלה.

התורה בציווי כאן, רומזת לנו כי ארון העץ יכול לגעת בצד הפנימי של ארון הזהב החיצון, אבל בארון הזהב הפנימי (הקטן) הוא יכול לגעת רק בצד החיצוני שלו
אותו דבר גם האדם - בתורת הפשט (הארון החיצון) הוא יכול לגעת אפילו בדברים העמוקים ביותר שבה (הפנימיות שלה).
אבל בתורת הסוד (הארון הפנימי) גם אם הוא יכול לגעת זה רק בחלק החיצוני שלה, ולא בפנימי.

כך אמר הגאון מווילנה לתלמידו ובזה הסביר לו מדוע הוא נמנע מלהסביר לו את אותו דבר עמוק בקבלה.

שבת שלום.

נ.ב.
לענ"ד נראה שאפשר לתרץ תירוץ אחר על קושיית הגאון - ע"פ הגמ' במסכת מגילה (דף טו.) : "ואמר רבי אלעזר אמר רבי חנינא בא וראה שלא כמידת הקב"ה מדת בשר ודם, מדת בשר ודם אדם שופת קדרה ואח"כ נותן לתוכה מים. אבל הקב"ה נותן מים ואחר כך שופת הקדרה לקיים מה שנאמר לקול תתו המון מים ואח"כ ויעלה נשיאים", על פי זה מובן, הקב"ה כאן ציווה כלשונו, קודם לפנות אל הפנימיות (המים, או ארון הזהב הפנימי) ואח"כ לחיצוניות, ואילו בנ"י אמורים - כהלכה למעשה - קודם לדאוג לחיצוניות (הקדירה, או הארון החיצוני) ורק אח"כ לדאוג לפנימיות.