עלילת נארוטו שיפודן מתרחשת כשנתיים וחצי אחרי שנארוטו עזב את הכפר עם ג'יראיה למטרות אימונים.
עם תחילת הסדרה, נארוטו וג'יראיה חוזרים לכפר, כשנארוטו וחבריו כבר בוגרים יותר וחזקים הרבה יותר משהיו כשעזב. נארוטו, סאקורה וקאקאשי חוזרים לפעול כצוות אחד, כאשר משימתם העיקרית היא למצוא את סאסקה שעבר לאורוצ'ימרו ולהחזירו.
בשלב מתקדם יותר הרכב הצוות משתנה, מצטרף חבר צוות חדש שנכנס במקום סאסקה ואפילו מפקד חדש שמחליף את קאקאשי לתקופה קצרה. בנוסף, האקטסוקי מתחילים לפעול כדי לממש את משימתם וללכוד את כל השדים בעלי הזנבות.... [ + קרא עוד ]